Agedit Uwilingiyimana sinh ngày 23 tháng 5 năm 1953 tại làng Nyaruhengeri ở phía nam Rwandan, tỉnh Butare, [1] 140   km về phía đông nam của thủ đô Kigali của Rwandan. Cô đã cùng cha mẹ làm nông dân [2] đến Congo của Bỉ để tìm việc làm, nhưng họ đã quay trở lại Butare vào năm 1957.[1] Cô là một thành viên của dân tộc Hutu chiếm phần lớn dân số Rwanda.[1]

Sau khi thành công trong kỳ thi chủng tộc cô được giáo dục tại trường trung học Notre Dame des Cîteaux và lấy chứng chỉ giảng dạy nhân văn năm 1973. Cô tiếp tục học cao học về toán và hóa học, sau đó cô trở thành giáo viên tại Butare năm 1976. Đến năm 1983 giảng dạy hóa học tại Đại học Quốc gia Rwanda ở Butare. Cô đã nhận được bằng cử nhân vào năm 1985, và dạy hóa học trong bốn năm tại các trường học ở Butare. Cô đã nhận được những lời chỉ trích từ các đối thủ cổ hủ truyền thống vì đã thúc đẩy toán học và nghiên cứu khoa học giữa các sinh viên nữ.[1]

Uwilingiyimana kết hôn với một người bạn cùng lớp thời trung học, Ignace Barahira, năm 1976; cô giữ tên thời con gái của mình. Cô đã có đứa con đầu lòng trong năm đứa trẻ vào năm sau đó.[1]